1. Lãnh đạo Sở Giao thông vận tải gồm: Giám đốc Sở và không quá 03 Phó Giám đốc.
2. Các tổ chức cấu thành bên trong của Sở Giao thông vận tải:
a) Văn phòng Sở;
b) Phòng Quản lý giao thông;
c) Phòng Quản lý vận tải;
d) Thanh tra giao thông vận tải (gọi tắt là Thanh tra Sở): Thanh tra Sở là cơ quan thuộc Sở, có con dấu và tài khoản riêng.
3. Đơn vị sự nghiệp trực thuộc Sở: Trung tâm Đăng kiểm xe cơ giới đường bộ Ninh Thuận.