Cảng tổng hợp Cà Ná có 03 phân khu chức năng chính, bao gồm: 

- Khu bến cảng tổng hợp: Bố trí tại khu vực phía Đông, giáp mũi Sừng Trâu. Khu bến này có chức năng nhập các loại nguyên vật liệu và xuất sản phẩm. Tổng chiều dài bến khoảng 1.185 m, diện tích mặt bến 4,21 ha; cỡ tàu tiếp nhận có trọng tải đến 50.000 tấn. Khu bến phục vụ chung cho toàn tỉnh Ninh Thuận và khu vực lân cận. 

Khu bến tổng hợp được đầu tư phù hợp với nhu cầu xuất nhập khẩu hàng hóa tổng hợp, đặc biệt là tiến trình đầu tư phát triển các KCN trên địa bàn tỉnh Ninh Thuận, kể cả KCN Cà Ná và các địa phương lân cận. 

- Khu bến chuyên dùng: 

+ Khu bến chuyên dùng cho KCN Cà Ná và Khu liên hợp luyện cán thép (dự kiến): Bố trí tại khu vực phía Đông, giáp mũi Sừng Trâu. Khu bến này có chức năng nhập các loại nguyên vật liệu và xuất sản phẩm. Tổng chiều dài bến khoảng 4.165 m, diện tích mặt bến 16,1 ha; tiếp nhận được tàu hàng rời trọng tải đến 300.000 tấn. Khu bến chuyên dùng này được đầu tư theo nhu cầu và tiến độ đầu tư KCN luyện cán thép Cà Ná của Nhà đầu tư. 

+ Khu bến chuyên dùng cho hàng lỏng: Được bố trí gắn với đê chắn sóng phía Tây và hệ thống đường ống chạy dọc đê Tây nối với bờ. Tổng chiều dài bến khoảng 520 m, diện tích mặt bến 0,44ha; cỡ tàu tiếp nhận là các tàu trọng tải đến 50.000 tấn. Khu bến xăng dầu được đầu tư theo nhu cầu của Nhà đầu tư. Trong phạm vi nghiên cứu của Đồ án quy hoạch này chỉ nghiên cứu bố trí bến cập tàu và định hướng đường dẫn vận chuyển hàng lỏng đi vào bờ. Phạm vi khu đất xây dựng kho bồn chứa và các công trình phụ trợ khác sẽ được nghiên cứu và đề xuất bởi Nhà đầu tư mặt hàng chuyên dùng này. 

- Khu bến dịch vụ hàng hải: Là khu bến thủy đội cảng, nơi tập kết: đội tàu lai dắt; ca nô cảng vụ; ca nô cảnh sát, biên phòng; ca nô của doanh nghiệp khai thác;... Khu bến này được đầu tư theo tiến trình đầu tư các khu bến tổng hợp và chuyên dùng. Ngoài khu bến cảng, các công trình kết cấu hạ tầng cảng biển phục vụ chung cho hoạt động khai thác Cảng tổng hợp Cà Ná, bao gồm: 

- Hệ thống đê chắn sóng: gồm đê Đông và đê Tây, có chức năng che chắn sóng cho toàn bộ khu nước bể cảng; 

- Luồng vào cảng: gồm tuyến luồng vào cảng, vũng quay tàu và hệ thống báo hiệu hàng hải. 

Bên cạnh đó, cần quan tâm thực hiện định hướng quy hoạch mạng hạ tầng kết nối cảng để khai thác đồng bộ, nâng cao năng lực thông qua của cảng như: Mạng lưới giao thông gồm đường bộ, đường sắt và đường thủy; hệ thống hạ tầng kỹ thuật phục vụ quá trình xây dựng, vận hành cảng gồm hệ thống cấp điện, hệ thống cấp nước, hệ thống thoát nước, xử lý chất thải rắn. 

Cảng tổng hợp Cà Ná bao gồm khu bến tổng hợp phục vụ chung cho nhu cầu của nền kinh tế và khu bến chuyên dụng phục vụ hoạt động khai thác của các doanh nghiệp. Hoạt động của Cảng tổng hợp Cà Ná không chỉ thúc đẩy các ngành kinh tế phát triển mà còn tạo ra nguồn đóng góp ngân sách hàng năm rất lớn thông qua các loại thuế, phí. Vì vậy, nguồn lực đầu tư xây dựng Cảng tổng hợp Cà Ná cần phải có sự kết hợp giữa nguồn lực nhà nước và nguồn lực tư nhân. Qua đó, đề ra nhiều chính sách, cơ chế và giải pháp thực hiện tạo nguồn lực đầu tư như sau: 

- Nguồn vốn ngân sách chỉ đầu tư cho các hạng mục cơ sở hạ tầng công cộng như đê chắn sóng, đường giao thông, điện, nước, viễn thông từ mạng quốc gia đến cảng. Việc đầu tư bến cảng theo quy hoạch được thực hiện theo hình thức xã hội hóa. 

- Đẩy mạnh xã hội hóa việc đầu tư phát triển cơ sở hạ tầng cảng biển, đặc biệt là các cầu cảng, bến cảng bằng các hình thức PPP; tăng cường xúc tiến đầu tư, khuyến khích và tạo điều kiện thuận lợi cho mọi thành phần kinh tế trong và ngoài nước tham gia đầu tư phát triển cảng biển bằng các hình thức theo quy định của pháp luật; khuyến khích các nhà đầu tư thuộc khu kinh tế, khu công nghiệp tham gia đầu tư cơ sở hạ tầng cảng biển và cơ sở hạ tầng kết nối cảng. 

- Tiếp tục đẩy mạnh cải cách hành chính, tạo môi trường thông thoáng trong thu hút đầu tư phát triển và kinh doanh khai thác cảng biển phù hợp với quá trình hội nhập và thông lệ quốc tế. 

- Đối với khu bến chuyên dụng, cần giao cho doanh nghiệp đầu tư, quản lý và khai thác. Đối với khu bến tổng hợp, có thể nghiên cứu áp dụng cơ chế tỉnh đầu tư bằng nguồn vốn ngân sách khu bến tổng hợp và cho thuê lại cơ sở hạ tầng bến cảng hoặc giao cho doanh nghiệp đầu tư, quản lý và khai thác. 

Theo kế hoạch phát triển kinh tế - xã hội của tỉnh Ninh Thuận, tiến trình phát triển các Khu công nghiệp, Khu liên hợp luyện cán thép và dự báo khối lượng hàng hóa tổng hợp, có thể chia thành các giai đoạn thực hiện đầu tư dự án Cảng tổng hợp Cà Ná như sau: 

- Giai đoạn trước 2020: Đầu tư 02 bến tàu 70.000 - 100.000DWT và 01 bến 20.000DWT. Các bến cảng này được thiết kế chịu sóng khi 02 đê chắn sóng chưa được đầu tư xây dựng. Luồng, vũng quay tàu, khu nước và hệ thống báo hiệu hàng hải đảm bảo cho hoạt động của 03 bến được đầu tư đồng bộ. 

- Giai đoạn 2020 - 2025: Đầu tư 01 bến hàng tổng hợp 50.000DWT và 170 m bến dịch vụ hàng hải để phục vụ các hoạt động hàng hải của Cảng tổng hợp Cà Ná. Hệ thống đê chắn sóng được đầu tư xây dựng trong giai đoạn này; Tiếp tục xây dựng 01 bến nhập than và quặng 300.000DWT, 02 bến xuất sản phẩm 20.000DWT, 01 bến nhập phụ gia 10.000DWT; Đầu tư 03 bến hàng tổng hợp 10.000DWT, đầu tư 01 bến hàng lỏng 50.000DWT và đầu tư hoàn thiện 170 m bến dịch vụ hàng hải còn lại. 

- Giai đoạn 2025 - 2030: Xây dựng 01 bến nhập than và quặng 300.000DWT, 01 bến xuất sản phẩm 20.000DWT, 01 bến nhập phụ gia 10.000DWT; Đầu tư hoàn thiện 02 bến tổng hợp cho tàu 20.000 - 50.000DWT; Tiếp tục xây dựng 01 bến xuất sản phẩm 70.000DWT, 02 bến xuất sản phẩm 20.000DWT, 01 bến nhập phụ gia 10.000DWT; Tiếp tục đầu tư hoàn chỉnh 01 bến chuyên dùng hàng lỏng cho tàu 50.000DWT trong giai đoạn này.